La construcción de la iglesia de San Pedro de los Francos se inició en piedra sillar, que puede observarse en la zona baja de los ábsides; la construcción del edificio mudéjar continuó en ladrillo, utilizado en la totalidad del edificio, si bien los muros longitudinales presentan tapial en su coronamiento.La iglesia se estructura en torno a una planta de tres naves casi de la misma altura, divididas en tres tramos, con crucero no acusado en planta pero sí en alzado, aunque muy levemente.La anchura de la nave central dobla la de las laterales, culminando las tres en una cabecera triabsidial poligonal, en cuyo exterior, al contrario de lo que es habitual en la arquitectura religiosa mudéjar en Aragón, los ángulos aparecen reforzados por contrafuertes.Interiormente los tramos son separados por pilares fasciculados resultado de adosar 4 semicolumnas a cada lado del pilar cuadrado y otras 4 a los ángulos; de esta forma las semicolumnas cumplen la función de soportar la carga de arcos formeros y perpiaños (las laterales) y los nervios de triple baquetón de las bóvedas de crucería que cubren los tramos (las de los ángulos). Los capiteles que coronan estos pilares carecen de ornamentación, siendo de perfil troncocónico invertido. Los ábsides, también cubiertos por bóvedas nervadas, presentan los laterales doble clave, frente a la clave única que posee el ábside central.

La decoración mudéjar se concentra en el exterior de los ábsides, desarrollándose por encima de unos ventanales apuntados con mainel central poligonal y cerrados con celosías de lazos de 6 que se abren en sus muros; esta decoración consiste en un friso de cruces de múltiples brazos formando rombos entre dos fajas de esquinillas.

Los ventanales de la cabecera de la iglesia se encuentran cegados al interior, no pudiendo tampoco apreciarse desde fuera por estar la iglesia rodeada de edificaciones.La iglesia tuvo un claustro cuadrado de 5 tramos por galería, cubiertos cada uno con crucería simple, y del que aún se conserva una de sus galerías en una edificación contigua.

En la fachada occidental de la iglesia se abre la portada, labrada en piedra sillar. La sobria portada se abre en arco carpanel bajo una estructura abocinada de arcos apuntados. La portada alberga elementos de escultura monumental, concretados en las figuras de San Pedro y San Pablo adosados a las jambas y bajo doseletes, y un Cristo en Majestad flanqueado por la Virgen y San Juan ocupando el tímpano de la puerta.

Un alero de protección se desarrolla sobre la portada, sobre apeos aquillados en forma de proa figurando cabezas humanas.

La torre se levanta a los pies de la iglesia, en el ángulo meridional, de planta cuadrada, presenta una estructura con machón central macizo también cuadrado, desarrollándose entre ambas un cuerpo de escaleras abovedada mediante el tradicional sistema por aproximación de hiladas de ladrillo. En su superficie se abren estrechas ventanas cerradas por aproximación de hiladas que sirven de iluminación al interior de la rampa de escaleras.Lo más interesante de la torre, su parte superior, desapareció al ser desmochada en 1840.